Comme partout au Moyen Âge, les Comtois vécurent « à la merci de la nature », celle-ci se manifestant parfois par des calamités et des maux variés. Aux phénomènes rarissimes (tremblement de terre en 1356, éclipse totale de soleil en 1385, plongeant momentanément la Franche-Comté dans l’obscurité, changement du cours de la Loue menaçant l’abbaye d’Ounans…), s’opposèrent les malheurs fréquents : les effets néfastes de la météorologie, crises alimentaires, épidémies (dont la « Peste noire » et ses récurrences) et le feu.
Sur chacun de ces sujets les archives renferment des informations plus ou moins abondantes et très diversifiées. La publication et le commentaire de textes, en grande majorité inédits, mettent en perspective la manière dont les hommes perçurent et relatèrent ce qui les accablait. En l’absence d’ouvrages sur le thème de ce livre, il s’agit d’une première démarche révélant des aspects inattendus de ce qui fut une composante fondamentale de l’histoire de la Franche-Comté aux XIVe et XVe siècles.